Marcus Jordan ban đầu chơi bóng rổ ở trường trung học với anh trai Jeffrey Jordan tại Học viện Loyola ở Wilmette, Illinois. Trong năm thứ hai của Marcus, hai anh em này đã dẫn dắt trường đến chức vô địch hội nghị và mùa giải tốt nhất trong lịch sử trường. Marcus sau đó chuyển đến trường trung học Whitney Young ở Chicago để học năm thứ 3 và cuối cấp

Vào ngày 22 tháng 3 năm 2009, anh đã dẫn dắt đội Whitney Young Dolphins đến danh hiệu Vô địch 4A bang Illinois. Jordan đã ghi được nhiều nhất 19 điểm trong một trận (vs Waukegan), đưa Whitney Young tới chiến thắng 69-66 trước Waukegan.[2]

Jordan được ESPNU đánh giá là hậu vệ ghi điểm (SG) trung học giỏi thứ 60 trong cả nước, trung bình 10,0 điểm, 4,5 rebound và 3,2 assists mỗi trận và giành được danh hiệu MVP của giải đấu toàn bang.

Đại học

Marcus Jordan chơi bóng rổ đại học tại Đại học Trung tâm Florida ở Orlando, Florida.[3] Trong năm thứ nhất, UCF đang có năm cuối cùng của hợp đồng 5 năm với thương hiệu Adidas, nhưng Jordan khăng khăng mang giày Nike Air Jordan vì lòng trung thành với thương hiệu của cha mình. Điều này cuối cùng đã khiến Adidas chấm dứt hợp đồng tài trợ với UCF.[4]

Jordan ghi được trung bình 8,0 điểm mỗi trận trong năm thứ nhất vào năm 2009-2010 và ghi 1152 điểm trong cả sự nghiệp đại học.[5] Vào ngày 12 tháng 11 năm 2010, trong trận mở màn mùa giải 2010-2011, Jordan đã dẫn dắt UCF giành chiến thắng trước Đại học West Florida, ghi được số điểm cao trong sự nghiệp trong một trận với 28 điểm trong 8/11 lần dứt điểm trong vòng và 5/7 cú ném từ vạch 3 điểm.[6] Anh cũng có một trận đấu ghi điểm cao nhất đội với 18 điểm trong việc làm đảo lộn số 16 bảng xếp hạng bang Florida vào ngày 1 tháng 12 năm 2010 [7]

Vào tháng 8 năm 2012, Jordan đã quyết định rời khỏi đội bóng rổ UCF, nhưng anh vẫn tiếp tục tham gia các lớp học tại trường.[8]